Hi, du müsstest die vorher sichern und vom iPhone in iTunes übertragen um im Anschluss dein neues iPhone damit zu synchronisieren.
Kontakte, Einstellungen etc. werden an und für sich im iOS Backup gesichert. In iTunes mit der rechten Maustaste auf das iPhone klicken und "Sichern" wählen. (Kontakte lassen sich ansonsten auch per MyContacts Backup aus dem iTunes Store sichern)
Für Apps und Einkäufe aus dem iTunes Store wieder mit der rechten Maustaste aufs iPhone klicken und Einkäufe übertragen auswählen. Für den Rest, z.B. Musik etc. die nicht bei iTunes gekauft wurde - verwendest du am besten ein iPhone Backup Programm.
Nachdem alle Daten vom iPhone 3GS sicher am PC/im iTunes gespeichert wurden einfach das iPhone 4 damit synchronisieren.